原因は Spam Karma でした。

対処法は Admin Area にある同プラグインの管理ページへ行き,Approved Comments にあるすべてのコメントにチェックを入れて Moderate Selected (選択したコメントをモデレート) を押す。これでこのページ内に表示されている分のコメントSpam Karma が承認した事になり,コメントの数が反映されるはず。

ここで問題なのは Spam Karma を入れる前にコメントされていた分やコメントが31上ある場合のモデレートに関して。No more comment counting を読むと,Spam Karma の不具合らしく,最新版の 2.1 が出るまでは SK2-WP2compatability(配布停止) を使って解決していたようです。最新版の 2.1 ではこの不具合は解消している らしい。私のところではうまくいかなかったので,モデレート後にスパム認定されて Recent Spam Harvest へ分けれらたコメントを Domain/IP Black List などに引っかかっていないかをチェックしていってマニュアルで再モデレートし,コメントを Spam Karma へ承認させていきました。

あと,デフォルトでは 承認済みコメント は30程しか表示されないのでそれ以上のコメントをモデレートするには thane が書いているように,spam_karma_2_plugin.php のコードを直接書き換えるしかないようです。書き換える場所は同ファイルの518行目付近にある,
$query_limit = 30;

$query_limit = 5000;
など,今まで付いた全コメント数よりも多いと思われる数字に変更。その後,上と同じように Approved Cooment へ行くとおそらくすべてのコメントが表示されます。そこでモデレート済み以外のコメントにチェックを入れて Moderate Selected。これでうまくいくはずです。

なお,spam_karma_2_plugin.php のコード変更は一度でokらしく,モデレートが終わったら元の30なり100くらいに直しておくのが良いと思います