自分の環境で解消した方法: 

1. ~/.ssh/known_hosts を削除

2. ~/.ssh/config へ github.com の設定を入れた

####### GitHub.com #########
Host github.com
 IdentityFile ~/.ssh/id_rsa__github

これだけ。

経緯:

アップデート後,Github で clone/pull/push をするとどうも permission denied がでてしまう。不思議と Backlog の Git では問題ない。

zsh 6235 % git clone git@github.com:foobar.git foobar
 Cloning into 'foobar'...
 
 fatal: Could not read from remote repository.
 
 Please make sure you have the correct access rights
 and the repository exists.

ググっても新しい private key を登録して改善した,という話があったのでやってみたものの,改善は一部にとどまる。いくつかの SSH 接続では Permission denied (publickey) のエラーが出力された。キーファイルのパーミッションも0600で設定し直しても改善が無いため,一旦 ~/.ssh/known_hosts を削除後,いままでやっていなかった ~/.ssh/config へ github.com の設定を入れた。なぜかこれですんなり改善。

確かに Backlog の Git では ~/.ssh/config に Hosts と IdentityFile を設定していた。